皖南医学院弋矶山医院外科为安徽省首批外科住院医师规范化培训基地、安徽省外科学精品课程建设单位、皖南医学院外科学硕士研究生授予点、皖南医学院重点学科，多个亚专科分别为第三、第四周期安徽省优先发展专科、临床医学重点扶持专科、重点培育学科，其中普通外科学为国家级专科医师规范化培训基地。
外科基地包括普外科、骨科、神经外科、泌尿外科、胸心外科、整形外科等六个亚专科，共有18个科室21个病区1300多张病床，年门诊量达29万余人次，每年住院患者3万余人次；拥有临床教师263人，其中正高级50人，副高级 78人，博士生导师5人，硕士生导师51人；拥有博士学位42人，硕士学位115人，并拥有省优秀教师1人、省江淮名医4人、省学术技术带头人3人、省卫计委学术技术带头人4人、享受国务院、省政府特殊津贴专家3人。
近5年共发表学术论文600余篇，其中SCI 180余篇，获国家自然科学基金等各类资助课题130余项，获省级以上科技成果奖15项，市级科技成果奖20项，各类教学成果奖10项。
皖南医学院弋矶山医院普外科是皖南地区规模最大的集临床、教学、科研一体的专科诊疗中心。学科下设五个亚专科：肝胆外科(一、二病区)、胃肠外科(一、二、三病区)、甲乳外科、血管外科、小儿外科，开放床位314张，年收治病人约15000人次，手术约9000台次。以微创(腔镜/双镜联合)技术治疗消化系统肿瘤、肝内/外胆管结石、甲状腺/乳腺疾病、小儿发育异常、血管疾病等为特色，并形成地域优势。在国内较早开展腹腔镜胰十二指肠切除术、腹腔镜肝脏切除术等高难手术，其技术处于国内先进水平。
骨科基地带教师资雄厚，科研能力突出，专业细分，病种丰富，是安徽省内条件优异的住培教学基地。分为脊柱骨科、关节骨科、创伤骨科、手足踝外科四个专业方向，年手术台数6000余次，目前常规开展骨盆髋臼骨折的微创和各入路开放手术治疗、各类髋部骨折的微创治疗、复杂关节部位骨折、经皮椎弓根固定、PVP、PKP及椎间盘镜和通道下的各种脊柱微创技术、关节置换手术、以关节疾病和复杂创伤的微创治、复杂手足踝部位的开放性损伤及手足部位的断指和肢体离断再植和各类复杂皮瓣及手足部位畸形矫形治疗。
神经外科为安徽省十三五优先发展重点专科，国家疑难病提升工程——脑血管病重点建设专科、神经外科博士生和硕士研究生培养单位，连续四年被评为国家科技排名百强科室。
神经外科包含三个病区、神经外科专科ICU、神经外科解剖与手术研究实验室和神经外科基础研究实验室，拥有与世界顶级医院持平的医疗器械和设备。科室常规开展颅内和脊髓各部位肿瘤的显微和内镜手术、脑血管病的血管内介入和显微手术、重型颅脑损伤监测和综合救治及功能神经外科手术等。
泌尿外科是安徽省重点培育专科，医院重点扶持学科，也是皖南地区泌尿系统、肾上腺和男性生殖系统疾病的诊疗及科研中心。目前为安徽省开展最早、设备最先进、技术最全面的泌尿外科之一，配备了一流的泌尿外科诊疗设备，能常规开展各类泌尿系统、肾上腺及男性生殖系统常规和微创手术治疗，其中以微创手术和疑难复杂手术为主。
胸心外科基地分为普胸外科和心脏大血管外科两大专业方向。普胸外科以胸腔镜微创手术为特色，广泛开展各类普胸手术的微创治疗及胸部创伤的微创救治。手术的微创率达到了90%以上，为皖南地区最大的胸外伤救治中心，在心脏大血管穿透伤、重度创伤性湿肺、创伤性呼吸衰竭、血气胸、连枷胸等救治方面积累了丰富的经验。心脏大血管外科是皖南地区最大的心脏大血管外科中心，在我省心血管外科专业中处于领先地位，治疗范围包括：各种先天性心脏大血管疾病、风湿性或其它原因所致的心脏瓣膜疾病、主动脉瘤等大血管疾病、心脏肿瘤、冠心病需行冠状动脉搭桥者、缩窄性心包炎、心律失常等。
整形外科是医院重点培育专科，是皖南地区唯一正规的集医疗、教学、科研为一体的整形治疗中心，其烧伤整形科在全国医院科技量值排名八十三名，为全国百强科室。在特大面积烧伤的救治，烧伤感染的防治，各种复杂烧伤、各种复杂创面的修复、疤痕和各种先天畸形的整形以及恶性体表肿瘤的治疗等方面在省内居领先地位。
（一）医院临床技能实践教学中心：集教学、示教、操作、考核多功能为一体的全方位教学中心，面积约10000+平米。配备了国内外先进的各类医学训练模型和设备，建立了各专科技能训练室、腔镜训练室、模拟手术室、模拟病房、计算机临床思维训练室、OSCE考试站等实验平台，完善的临床训练体系为学员学习提供保障，为学员适应外科手术微创化打下坚实基础。
（二）丰富的病例资源：临床外科医学注重经验积累和技能提高，本院是皖南最大的省级三甲医院，医疗资源丰富，每位规培生可管床5~10张，规培期间可经治各种外科常见病和疑难重症疾病，可以保障每位学员“见多识广”。
（三）完整体系的培训计划： 基地实行“双导师制”，现有责任导师60人，专业导师90人，严格按照《住院医师规范化培训内容与标准》外科培训细则对住院医师进行培训。规范开展教学查房、病例讨论、小讲课、技能培训等日常教学活动。每年对住院医师进行年度考核，在住培结业考试前对住院医师进行专项培训。精细的培训计划，详实的培训内容，保障让每一位住院医师都能顺利结业。
（四）丰盛的学术盛宴：外科基地每年都会举办多次大型继续医学教育项目和学术交流会，将最前沿的知识技术送到家门口，方便住院医师学习。
（五）外科基地注重住院医师的日常生活、思想及学习的情况，定期开展住院医师座谈会、年度总结会，了解各年级住院医师的学习、生活情况，给予帮助和指导。2017年至今已结业的住院医师185名，满意度高。目前在培住院医师250人，各年级住院医师培训进度良好。